為了分析在規(guī)范的身體計劃軸期間的胚胎發(fā)育早期中的轉錄及Pol II中斷，Saunders等人在產(chǎn)卵2到3小時后的果蠅胚胎中實施了總體的核不分段測序（GRO-seq）。GRO-seq利用高通量測序，從而識別從事全基因組Pol II轉錄的位置。作者按照基因體中Pol II表現(xiàn)的堿基的轉錄活性或失活行進行的基因分類，同時還基于啟動子上存在的額外Pol II的Pol II中斷或非中斷。他們發(fā)現(xiàn)，Pol II中斷是廣泛存在的，在55%的基因中發(fā)生，包括80%的轉錄活性基因。這些數(shù)值高于之前來自哺乳動物細胞系的評估，并且可能反映了發(fā)生在胚胎發(fā)育期間的大量轉錄重排。
跟隨轉錄開始的真核RNA聚合酶II（Pol II）中斷在不同的物種中成為一個普遍的基因調控機制，盡管在發(fā)育中的功能性作用的特征并不明顯。對果蠅發(fā)育的新研究表明，Pol II中斷是廣泛存在的，并且對于原腸胚形成期間的同步基因表達是至關重要的。
接下來，作者比較了兩個時間點之間的GRO-seq數(shù)據(jù)，旨在搞清發(fā)育基因是否被Pol II中斷釋放所調整（通過改變連同Pol II啟動子占用的相應變化的基因表達所推斷）。作者發(fā)現(xiàn)了路徑間的變化性：前后和背腹模式路徑中的大多數(shù)基因是由Pol II中斷釋放所調整的，而這大約僅僅發(fā)生在塞爾達轉錄因子的1/3基因標靶中。
在一項單獨的研究中，Lagha等人測試了Pol II中斷在發(fā)育基因中的功能價值。
通過在果蠅胚胎中使用定量顯微鏡，他們*次分析了tup和pnr基因的感應動力學特征，它們與背部組織的規(guī)范有關。與pnr不同，tup已知能夠被中斷的Pol II調整，并且經(jīng)歷了在胚胎細胞中高度同步的快速感應。作者設計了進入報告基因表達構成的pnr和tup上游序列的不同部分，并發(fā)現(xiàn)，啟動子序列，而不是增強子序列，足以指導Pol II中斷，并導致同步基因表達。
由于全基因組Pol II占用數(shù)據(jù)，作者注意到Pol II占用在不同的基因之間以一種連續(xù)的模式發(fā)生著變化，因此之前認為基因“中斷"或“非中斷"可能過于簡單了。實際上，在利用這些啟動子中的6個來驅動一個報告基因后，他們指出，Pol II中斷程度的漸變與轉錄的水平和同步性是相互關聯(lián)的。
測試Pol II中斷在不同物種中的額外發(fā)育設置中的價值將是一件很有趣的事情。
zui終，作者利用其中的兩個啟動子在蝸?；騿幼又袦y試了Pol II中斷的功能。在果蠅原腸胚形成期間，同步的蝸牛轉錄控制了約1,000個中胚層細胞內陷的協(xié)調。重要的是，用缺乏中斷或具有較弱中斷的啟動子替代蝸牛啟動子，導致了不同步的蝸牛表達以及嚴重的原腸胚形成缺陷。
