現(xiàn)在對水體中微囊藻毒素的檢測已發(fā)展了多種分析方法，主要有生物分析法、化學(xué)分析法和生化分析法。
生物分析法：
傳統(tǒng)的生物分析法通常用小鼠腹腔注射或口腔灌喂評(píng)價(jià)微囊藻毒素的毒性。
用純化的微囊藻毒素或水華藍(lán)藻中粗提藻毒素進(jìn)行測試，根據(jù)其生理病變及半致死量可初步確定其毒性（除個(gè)別異構(gòu)體的LD50為200～250μg/kg，多數(shù)微囊藻毒素的LD50為60～70ug/kg）。這也是毒理評(píng)價(jià)的常用方法。此外還有用無脊椎動(dòng)物如蝦、貝、水蚤及其卵進(jìn)行毒性評(píng)價(jià)的研究，以細(xì)菌進(jìn)行生物分析也有報(bào)道。這類方法靈敏度較差，所得到的毒型結(jié)果與小鼠的品系有關(guān)，可比性較差，且無法確定毒素類型及結(jié)構(gòu)。但該方法操作簡單，且可以監(jiān)測到過去未曾發(fā)現(xiàn)的新毒素。
化學(xué)分析法：
化學(xué)分析法主要包括氣相色譜 （GC）、薄層色譜（TLC）、液相色譜（HPLC）、液相色譜/質(zhì)譜分析（LC/MS）及毛細(xì)管電泳（CE）等，其中HPLC應(yīng)用zui廣。這些方法利用微囊藻毒素的物化性質(zhì)結(jié)合靈敏的光電技術(shù)對其進(jìn)行定性、定量分析。
液相色譜：
液相色譜可以分析一些氣相色譜無法分析的揮發(fā)性差、極性強(qiáng)、熱穩(wěn)定性差的物質(zhì)。常用的檢測器有紫外-可見光（UV-VIS）（ultraviolet- visible）檢測器、示差折光檢測器、熒光、化學(xué)發(fā)光檢測器、火焰離子化檢測器和電化學(xué)檢測器等。
HPLC技術(shù)一般采用正相或反相色譜柱對毒素進(jìn)行分離，然后進(jìn)行紫外（UV）、熒光（FL）或化學(xué)發(fā)光（CL）檢測。將被測毒素與標(biāo)準(zhǔn)毒素的滯留時(shí)間進(jìn)行比較可對被測毒素進(jìn)行鑒定，將被測毒素與標(biāo)準(zhǔn)毒素的峰面積進(jìn)行比較可對其進(jìn)行定量。目前常采用HPLC/UV法對MC進(jìn)行監(jiān)測，監(jiān)測限度一般為ng級(jí)。
液相色譜是目前應(yīng)用、研究較多的方法，這一方面取決于微囊藻毒素本身的物理和化學(xué)性質(zhì)，另一方面也因?yàn)樵摲ㄓ辛己玫撵`敏度（可達(dá)0.1μｇ/Ｌ）和選擇性。其步驟是先將水華藍(lán)藻的毒素提取液或?qū)嶋H水樣通過固相萃取吸附富集，溶劑淋洗后將凈化的微囊藻毒素洗脫，用于定性分析。用于色譜分析。同時(shí)，可利用液相色譜的特點(diǎn)，與質(zhì)譜或核磁共振聯(lián)用確定其分子式和結(jié)構(gòu)。
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